Méthodes

Source des données

ANRESIS collecte et analyse des données anonymisées sur la résistance aux antibiotiques transmises chaque semaine ou chaque mois par un réseau représentatif de laboratoires suisses de microbiologie clinique. Ces données sont générées dans le cadre des soins médicaux de routine (déclaration de confidentialité) et sont rapportées telles qu’elles sont fournies par les laboratoires. ANRESIS n’effectue aucune validation de données. Tous les laboratoires fournissant des données pour ce rapport sont agréés par Swissmedic et participent à au moins un programme de contrôle de qualité externe. La plupart des laboratoires utilisent des systèmes semi-automatisés, conformes aux recommandations de l’EUCAST. Les données quantitatives sur la résistance, telles que les concentrations minimales inhibitrices (CMI) ou les diamètres de diffusion sur disque (DD), ne sont fournies que par une partie des laboratoires. Par conséquent, toutes les analyses reposent sur l’interprétation des résultats quantitatifs des tests de résistance (sensible, sensible avec une exposition accrue, résistant ; S-I-R). 

L’ensemble de données couvre environ 90 % des jours d’hospitalisation annuels en Suisse (voir le graphique interactif pour plus de détails) et au moins 50 % des praticiens en ambulatoire. Les variables épidémiologiques disponibles permettent une stratification par type de structure de soins (hôpital vs ambulatoire), tranche d’âge des patients et localisation anatomique. Lors du téléchargement des données, des algorithmes automatisés sont utilisés pour identifier les doublons et effectuer d’autres contrôles de qualité.

Considérations relatives à l’interprétation : les analyses étant fondées sur des données qualitatives de résistance (« S-I-R »), l’évolution des seuils de résistance au fil du temps peut influencer les tendances observées en matière de résistance. De plus, selon l’EUCAST, des seuils différents peuvent être utilisés pour différents types d’infections. Le nombre et le type de laboratoires participants évoluent au fil du temps, ce qui peut influencer les résultats. Les chiffres annuels relatifs aux isolats transmis à ANRESIS sont présentés sous forme de diagramme à barres empilées.

Analyse des données

Des détails sur les analyses individuelles sont fournis dans la rubrique « Additional informations » des figures correspondantes. Les résultats des laboratoires de référence et les résultats de dépistage sont signalés par les laboratoires et exclus de la plupart des analyses, tout comme les résultats en double (même patient, même micro-organisme, même année civile). Les identifiants des patients étant propres à chaque laboratoire, les isolats en double provenant de laboratoires différents n’ont pas pu être identifiés ni supprimés. La plupart des analyses se sont limitées aux isolats issus d’hémocultures ou de liquide céphalo-rachidien afin de faciliter la comparaison avec les données de surveillance internationales.

Les pourcentages de résistance ont été calculés en divisant le nombre d’isolats résistants par le nombre total d’isolats testés. Un isolat était classé comme résistant à un groupe d’antibiotiques si une résistance était détectée à au moins un antibiotique de ce groupe. La méthode du score de Wilson a été utilisée pour le calcul de l’intervalle de confiance à 95 % des taux de résistance.

Pour le calcul des taux d’incidence, seuls les isolats invasifs provenant d’hôpitaux ayant soumis au moins un échantillon par lit et par an ont été pris en compte. Le nombre d’isolats a été extrapolé à la population suisse sur la base de la proportion de journées d'hospitalisation couverts par les hôpitaux participants. L’extrapolation a été stratifiée selon la région linguistique et selon le statut des hôpitaux (universitaires ou non universitaires). Les taux d’incidence sont exprimés en nombre de cas pour 100'000 habitants. Un intervalle de confiance de Poisson exact, basé sur la paramétrisation gamma de l’intervalle de Poisson exact (Garwood), a été utilisé ; celui-ci généralise la formulation du chi carré aux nombres d’événements fractionnaires.

Le programme de surveillance de la résistance aux antimicrobiens dans le secteur de l’élevage et de la viande est défini chaque année pour des agents pathogènes spécifiques présents chez les porcs, les bovins, la volaille et les dindes. Des échantillons aléatoires stratifiés sont prélevés depuis 2016. L'échantillonnage est réparti de manière uniforme tout au long de l'année, selon un plan d'échantillonnage établi pour les contrôles des viandes. Les échantillons sont prélevés dans les deux plus grands abattoirs de volaille ainsi que dans les quatre plus grands abattoirs de porcs et les cinq plus grands abattoirs de bovins. Chaque abattoir participant au programme a prélevé un nombre d'échantillons proportionnel au nombre d'animaux de l'espèce abattus chaque année. Les échantillons sont envoyés au laboratoire national de référence pour la résistance aux antimicrobiens ZOBA, de la Faculté Vetsuisse de l’Université de Berne, pour y subir des analyses complémentaires. Conformément à la législation européenne, les échantillons de viande sont prélevés sur de la viande fraîche, réfrigérée, emballée et non traitée vendue au détail. Les échantillons sont prélevés dans tous les cantons suisses tout au long de l’année. Le plan d’échantillonnage mis en œuvre a pris en compte la densité de population de chaque canton ainsi que les parts de marché des détaillants. De plus, la proportion de viande importée et de viande produite en Suisse au sein de chaque catégorie de viande a été intégrée dans le plan d’échantillonnage.

Le programme de surveillance de la résistance chez les animaux malades a été lancé en 2019 et consolidé en 2022 afin d’inclure les combinaisons agent pathogène/animal et indication qui présentent un intérêt en médecine vétérinaire. Les souches sont isolées à partir d’échantillons diagnostiques provenant de la quasi-totalité des laboratoires de diagnostic vétérinaire suisses (universitaires, cantonaux, privés) afin d’assurer une bonne représentativité des résultats.

La détermination des concentrations minimales inhibitrices (CMI) est effectuée au laboratoire national de référence suisse (ZOBA, en anglais).