Données de résistance Médecine humaine
Représentation en tableau des données de résistance les plus importantes en Suisse.
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INterface For Empirical antimicrobial ChemoTherapy
Représentation interactive des données de résistance les plus récentes. Contient les recommandations de traitement et s’adresse plus particulièrement aux professionnels de la santé.
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en développement
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Entérobactéries résistantes aux carbapénèmes
Bien que le nombre d’Entérobactéries résistantes aux carbapénèmes soit relativement faible, il a augmenté en continu ces dernières années.
Entérobactéries résistantes aux carbapénèmes (CRE)
Les carbapénèmes sont des antibiotiques à large spectre indiqués pour des infections sévères causées notamment par des germes multi-résistants, par exemple les entérobactéries productrices de bétâ-lactamases à spectre étendu. Un suivi de la résistance à cette classe d’antibiotiques à épargner est indispensable. ANRESIS analyse la résistance aux carbapénèmes chez les entérobactéries en continu et publie ces données sur le site internet.
La non-susceptibilité aux carbapénèmes peut être causée par différents mécanismes, comme la diminution de perméabilité, les pompes à efflux ou par la production de carbapénémases. Le mécanisme de résistance ne peut pas être seulement prédit par un test de résistance. Á cause de leur multirésistance et leur dissémination rapide, une attention particulière est donnée pour les entérobactéries productrices de carbapénémases (voir prochaine section).
Les CRE sont définis comme une non-susceptibilité à l’imipénème et/ou au méropénème. Pour Morganella morganii, Proteus spp. et Providencia spp. seul le méropénème était considéré. Dans cette analyse, seules les données des laboratoires nous envoyant les données en continu pour la période 2008-2019 étaient considérées. Les doubles par patient dans une même année étaient exclus (requête du 5.12.2019).
Distribution des espèces parmi tous les CRE et les entérobactéries isolées à partir de 2008. Les CRE sont définis comme une non-susceptibilité à l’imipénème et/ou au méropénème. Pour Morganella morganii, Proteus spp. et Providencia spp. seul le méropénème était considéré. Dans cette analyse, seules les données des laboratoires nous envoyant les données en continu pour la période 2008-2019 étaient considérées. Les doubles par patient dans une même année étaient exclus (requête du 5.12.2019)
Entérobactéries productrices de carbapénémases (CPE)
Les entérobactéries qui produisent des carbapénémases (appelées les entérobactéries productrices de carbapénémases ou EPC) sont particulièrement résistantes à un grand nombre de classes d’antibiotiques autres que les carbapénèmes. Á cause de cette multirésistance et dû à leur dissémination rapide, ils représentent une menace particulière. La déclaration des EPC a donc été rendue obligatoire par le gouvernement suisse à partir de 2017 et depuis janvier 2019, tous les isolats d’EPC doivent être envoyés au Centre national pour la détection précoce et la surveillance des résistances émergentes aux antibiotiques (NARA) pour une analyse détaillée des mécanismes de résistance et pour la détection précoce de flambées. Une aperçu de las sitaution actuelle a été publié dans le Swiss Antibiotic Resistance Report 2020.
Les EPC sont classifiés d’après les similitudes de leur séquence d’acide aminé de leurs carbapénémases. Les génotypes les plus courants en Suisse sont actuellement les types OXA-48 et les KPC.
CPE : Entérobactéries productrices de carbapénémases
FOPH : Federal Office of Public Health / Office fédéral de la santé publique (OFSP)
NARA : Centre national de référence pour la détection précoce des résistances émergentes aux antibiotiques
SAC : Comité suisse des antibiogrammes
De 2013 à 2015, des isolats CPE potentiels ont été caractérisés par des laboratoires experts nommés par le Comité suisse des antibiogrammes (SAC) de la Société suisse de microbiologie. Les données ont été collectées par le SAC. Depuis 2016, tous les isolats CPE doivent être déclarés à l’Office fédéral de la santé publique (OFSP). Il recueille également des données épidémiologiques. Depuis 2019, il est obligatoire d’envoyer les isolats CPE potentiels au laboratoire national de référence (NARA), qui effectue le génotypage et stocke les isolats.
La déduplication a été réalisée au niveau de l’espèce et du génotype. Seul l’isolat apparu pour la première fois au cours d’une année civile a été pris en compte chez le même patient.
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Microorganismes
Acinetobacter spp.
Acinetobacter spp.
Situation de résistance stable chez ce germe déjà intrinsèquement résistant contre de nombreux antibiotiques.
Les infections à Acinetobacter spp. surviennent surtout en milieu hospitalier, chez des personnes déjà affaiblies et hospitalisées en unités de soins intensifs. Elles conduisent à des infections du tractus respiratoire, urinaire et des infections de plaie, mais aussi à des septicémies et des méningites. Depuis 10 ans, la situation de leur résistance est stable en Suisse. Au contraire d’autres pays européens, nous n’observons pas d’augmentation de résistance aux carbapénèmes.
Choisissez une région souhaitée, une unité, un antibiotique ou une année dans le menu déroulant. Pour activer/désactiver les séries temporelles ou des intervalles de confiance, cliquez sur les cases à cocher. Lorsque vous déplacez la souris sur le diagramme, une barre d’outils s’affiche, qui permet d’autres fonctions telles que le zoom, l’étiquetage des données et l’enregistrement du graphique sous forme de fichier image.
95% CI: Intervalle de confiance de 95%
Seuls les isolats invasifs de sang et de fluide cérébrospinal qui ont été testés contre les antibiotiques correspondants (groupes) ont été utilisés pour cette analyse. Si plusieurs antibiotiques étaient testés dans le même groupe, le résultat le plus résistant était pris en compte. Seul le premier isolat par patient, micro-organisme et année civile a été inclus. Les résultats sont rapportés tels que fournis par les laboratoires. Le nombre de laboratoires participants évolue avec le temps, ce qui peut également affecter les résultats. Ces données de résistance sont présentées pour la surveillance épidémiologique et ne doivent pas être interprétées comme une recommandation thérapeutique en soi.
Links / Littérature:
Swiss Antibiotic Resistance Report. Chapter 7.4 Acinetobacter species
Prevalence of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii from 2005 to 2016 in Switzerland.
Entérocoques
Entérocoques
Après plusieurs années stables, la résistance à la vancomycine chez les entérocoques est en augmentation depuis 2018.
Les entérocoques appartiennent à la flore intestinale et sont peu pathogènes, mais peuvent être à l’origine d’infections sévères surtout en milieu hospitalier. Jusqu’à maintenant la résistance à la vancomycine était stable, mais on a observé une augmentation des entérocoques résistants à la vancomycine en Suisse en 2018 notamment à cause d’une flambée du clone ST 796 (cf Littérature). Swissnoso a rédigé récemment des Recommandations d’experts à l’intention des établissements de soins pour lutter contre la propagation des entérocoques résistants à la vancomycine en Suisse.
Enterococcus faecalis
Enterococcus faecalis
Choisissez une région souhaitée, une unité, un antibiotique ou une année dans le menu déroulant. Pour activer/désactiver les séries temporelles ou des intervalles de confiance, cliquez sur les cases à cocher. Lorsque vous déplacez la souris sur le diagramme, une barre d’outils s’affiche, qui permet d’autres fonctions telles que le zoom, l’étiquetage des données et l’enregistrement du graphique sous forme de fichier image.
95% CI: Intervalle de confiance de 95%
Seuls les isolats invasifs de sang et de fluide cérébrospinal qui ont été testés contre les antibiotiques correspondants (catégorie) ont été utilisés pour cette analyse. Si plusieurs antibiotiques étaient testés dans la même catégorie, le résultat le plus résistant était pris en compte. Seul le premier isolat par patient, micro-organisme et année civile a été inclus. Les résultats sont rapportés tels que fournis par les laboratoires. Le nombre de laboratoires participants évolue avec le temps, ce qui peut également affecter les résultats. Ces données de résistance sont présentées pour la surveillance épidémiologique et ne doivent pas être interprétées comme une recommandation thérapeutique en soi.
Enterococcus faecium
Enterococcus faecium
Choisissez une région souhaitée, une unité, un antibiotique ou une année dans le menu déroulant. Pour activer/désactiver les séries temporelles ou des intervalles de confiance, cliquez sur les cases à cocher. Lorsque vous déplacez la souris sur le diagramme, une barre d’outils s’affiche, qui permet d’autres fonctions telles que le zoom, l’étiquetage des données et l’enregistrement du graphique sous forme de fichier image.
95% CI: Intervalle de confiance de 95%
Seuls les isolats invasifs de sang et de fluide cérébrospinal qui ont été testés contre les antibiotiques correspondants (catégorie) ont été utilisés pour cette analyse. Si plusieurs antibiotiques étaient testés dans la même catégorie, le résultat le plus résistant était pris en compte. Seul le premier isolat par patient, micro-organisme et année civile a été inclus. Les résultats sont rapportés tels que fournis par les laboratoires. Le nombre de laboratoires participants évolue avec le temps, ce qui peut également affecter les résultats. Ces données de résistance sont présentées pour la surveillance épidémiologique et ne doivent pas être interprétées comme une recommandation thérapeutique en soi.
Links / Littérature:
Recommandations provisoires d’experts à l’intention des établissements de soins pour lutter contre la propagation des entérocoques résistants à la vancomycine (VRE) en Suisse.
Swiss Antibiotic Resistance Report. Chapter 7.6 Enterococci
Emergence of vancomycin-resistant enterococci in Switzerland: a nation-wide survey.
Outbreak of vancomycin-resistant Enterococcus faecium clone ST796, Switzerland, December 2017 to April 2018.
Euro Surveill. 2018 Jul;23(30)
Escherichia coli
Escherichia coli
Autant la résistance aux quinolones qu’à celle aux céphalosporines de 3ème et 4ème génération est en augmentation depuis plus de 10 ans.
Les Escherichia coli appartiennent aux germes les plus fréquents, autant en ambulatoire que dans le milieu hospitalier. Ils colonisent la flore intestinale normale de l’Homme et conduisent par ex. à des infections urinaires, des pyélonéphrites et des septicémies.
La résistance aux quinolones a augmenté de 10.6% en 2004 à 20.5% en 2015. Les taux d’ E. coli résistants aux quinolones sont néanmoins restés constants au cours des quatre dernières années. La consommation de quinolones est une cause importante de l’augmentation des résistances aux quinolones chez E. coli . Les quinolones devraient alors être prescrites de façon exceptionnelle pour le traitement des infections urinaires non compliquées.
La résistance aux 3ème et 4ème génération a augmenté en continu de 0.9% en 2004 à 11.4% en 2019. L’augmentation a eu lieu en ambulatoire et en milieu hospitalier pratiquement en parallèle. Les E. coli résistant aux céphalosporines de 3ème et 4ème génération ont été identifiés dans différents environnements, comme par exemple aux retours de voyage, chez les animaux ou les eaux.
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95% CI: Intervalle de confiance de 95%
Seuls les isolats invasifs de sang et de fluide cérébrospinal qui ont été testés contre les antibiotiques correspondants (catégorie) ont été utilisés pour cette analyse. Si plusieurs antibiotiques étaient testés dans la même catégorie, le résultat le plus résistant était pris en compte. Seul le premier isolat par patient, micro-organisme et année civile a été inclus. Les résultats sont rapportés tels que fournis par les laboratoires. Le nombre de laboratoires participants évolue avec le temps, ce qui peut également affecter les résultats. Ces données de résistance sont présentées pour la surveillance épidémiologique et ne doivent pas être interprétées comme une recommandation thérapeutique en soi.
Links / Littérature:
Temporal trends of extended-spectrum cephalosporin resistant Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in Switzerland.
Assessment of the Prevalence of Extended-Spectrum β-Lactamase-Producing Enterobacteriaceae in Ready-to-Eat Salads, Fresh-Cut Fruit, and Sprouts from the Swiss Market.
Swiss Antibiotic Resistance Report 2020. Chapter 7.1 E. coli
Characteristics of extended-spectrum β-lactamase- and carbapenemase-producing Enterobacteriaceae Isolates from rivers and lakes in Switzerland.
High colonization rates of extended-spectrum β-lactamase (ESBL)-producing Escherichia coli in Swiss travellers to South Asia- a prospective observational multicentre cohort study looking at epidemiology, microbiology and risk factors.
– ESBL-producing Enterobacteriaceae: occurrence, risk factors for fecal carriage and strain traits in the Swiss slaughter cattle population younger than 2 years sampled at abattoir level.
Klebsiella pneumoniae
Klebsiella pneumoniae
La résistance aux céphalosporines de 3ème et 4ème génération augmente en continu depuis 10 ans.
Les Klebsiella pneumoniae appartiennent, comme les E. coli, au groupe des Entérobactéries et causent des infections urinaires et, en milieu hospitalier, des infections respiratoires. L’augmentation de la résistance aux céphalosporines de 3ème et 4ème génération a lieu, comme chez les E. coli, de 1.3% en 2004 à 10.4% en 2018. Les taux de K.pneumoniae résistants aux céphalosporines de troisième et quatrième génération sont néanmoins restés constants au cours des quatre dernières années.
Puisqu’il existe un plus grand risque de transmission à l’intérieur des hôpitaux, les patients souffrant de ces infections sont en règle générale isolés.
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95% CI: Intervalle de confiance de 95%
Seuls les isolats invasifs de sang et de fluide cérébrospinal qui ont été testés contre les antibiotiques correspondants (catégorie) ont été utilisés pour cette analyse. Si plusieurs antibiotiques étaient testés dans la même catégorie, le résultat le plus résistant était pris en compte. Seul le premier isolat par patient, micro-organisme et année civile a été inclus. Les résultats sont rapportés tels que fournis par les laboratoires. Le nombre de laboratoires participants évolue avec le temps, ce qui peut également affecter les résultats. Ces données de résistance sont présentées pour la surveillance épidémiologique et ne doivent pas être interprétées comme une recommandation thérapeutique en soi.
Links / Littérature:
Swiss Antibiotic Resistance Report 2020. Chapter 7.2 K. pneumonieae
Enterobacteriaceae mit Breitspektrum Beta-Laktamasen (ESBL) im Spital: Neue Empfehlungen Swissnoso 2014.
Temporal trends of extended-spectrum cephalosporin resistant Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae in Switzerland.
Transmission dynamics of extended-spectrum β-lactamase-producing Enterobacteriaceae in the tertiary care hospital and the household setting
Neisseria gonorrhoeae
Neisseria gonorrhoeae
La résistance est en augmentation chez cette bactérie transmise lors de rapports sexuels.
Les infections à gonocoques augmentent de façon continue. Il s’agit souvent d’infections mixtes avec d’autres maladies sexuellement transmissibles (infections à Chlamydia, HIV, hépatite B, syphilis). Les résistances envers les céphalosporines et l’azithromycine augmentent également, c’est pourquoi les infections à gonocoques doivent être traitées par une thérapie duale (ceftriaxone et azithromycine), le synergisme empêchant le développement de résistance.
Il manque en Suisse un aperçu plus précis de la situation actuelle, car les tests diagnostiques récents reposent souvent sur l’amplification du génome (Polymerase Chain Reaction = PCR) dans l’urine. Si aucune culture n’a été effectuée, il n’y a pas de test de résistance qui sont faits. ANRESIS reçoit uniquement les résultats des tests de résistances d’une partie non représentative des infections à gonocoques. Pour ces raisons, des mises en culture devraient être effectuées lors d’infections à gonocoques.
Links / Littérature:
Pseudomonas aeruginosa
Pseudomonas aeruginosa
La situation des résistances est stable chez les P. aeruginosa.
Les Pseudomonas aeruginosa sont déjà intrinsèquement résistants à de nombreux antibiotiques. Ils causent – surtout en milieu hospitalier – des infections pulmonaires, urinaires, vasculaires et peuvent aussi conduire à de graves infections de la peau chez les personnes brûlées. La situation de résistance est stable depuis des années.
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95% CI: Intervalle de confiance de 95%
Seuls les isolats invasifs de sang et de fluide cérébrospinal qui ont été testés contre les antibiotiques correspondants (catégorie) ont été utilisés pour cette analyse. Si plusieurs antibiotiques étaient testés dans la même catégorie, le résultat le plus résistant était pris en compte. Seul le premier isolat par patient, micro-organisme et année civile a été inclus. Les résultats sont rapportés tels que fournis par les laboratoires. Le nombre de laboratoires participants évolue avec le temps, ce qui peut également affecter les résultats. Ces données de résistance sont présentées pour la surveillance épidémiologique et ne doivent pas être interprétées comme une recommandation thérapeutique en soi.
Links / Littérature:
Swiss Antibiotic Resistance Report 2020. Chapter 7.3 Pseudomonas aeruginosa
Staphylococcus aureus
Staphylococcus aureus
La résistance à la méticilline chez les S. aureus (MRSA) est en recul.
Les staphylocoques appartiennent, ensemble avec les E. coli, aux germes les plus fréquemment liés à des infections bactériennes chez l’Homme. Ils causent surtout des infections de la peau et des tissus mous, mais aussi des septicémies, des infections ostéo-articulaires et des endocardites.
La résistance à la méticilline –il s’agissait auparavant surtout d’un problème chez les patients hospitalisés – a clairement diminué de 12.8% en 2004 à 4.6% en 2018, bien que le taux de S. aureus résistants à la méticilline (MRSA) a légèrement augmenté en ambulatoire. Les MRSA ne sont actuellement plus uniquement un problème hospitalier.
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95% CI: Intervalle de confiance de 95%
Seuls les isolats invasifs de sang et de fluide cérébrospinal qui ont été testés contre les antibiotiques correspondants (catégorie) ont été utilisés pour cette analyse. Si plusieurs antibiotiques étaient testés dans la même catégorie, le résultat le plus résistant était pris en compte. Seul le premier isolat par patient, micro-organisme et année civile a été inclus. Les résultats sont rapportés tels que fournis par les laboratoires. Le nombre de laboratoires participants évolue avec le temps, ce qui peut également affecter les résultats. Ces données de résistance sont présentées pour la surveillance épidémiologique et ne doivent pas être interprétées comme une recommandation thérapeutique en soi.
Links / Littérature:
Swiss Antibiotic Resistance Report. Chapter 7.7 Staphylococcus aureus
Staphylococcus aureus and methicillin resistance in Switzerland: regional differences and trends from 2004 to 2014.
Streptococcus pneumoniae
Streptococcus pneumoniae
La résistance à la pénicilline chez les pneumocoques est en recul grâce à la vaccination.
Les pneumocoques causent, comme le nom le suggère déjà, des pneumonies ou des septicémies. La morbidité, ainsi que le taux de résistance ont diminué notamment grâce à la vaccination contre les pneumocoques. Depuis 2004, le taux de résistance a diminué de 9.5% à 6.3% en 2018.
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95% CI: Intervalle de confiance de 95%
Seuls les isolats invasifs de sang et de fluide cérébrospinal qui ont été testés contre les antibiotiques correspondants (catégorie) ont été utilisés pour cette analyse. Si plusieurs antibiotiques étaient testés dans la même catégorie, le résultat le plus résistant était pris en compte. Seul le premier isolat par patient, micro-organisme et année civile a été inclus. Les résultats sont rapportés tels que fournis par les laboratoires. Le nombre de laboratoires participants évolue avec le temps, ce qui peut également affecter les résultats. Ces données de résistance sont présentées pour la surveillance épidémiologique et ne doivent pas être interprétées comme une recommandation thérapeutique en soi.
Links / Littérature:
La vaccination contre les pneumocoques pour les enfants est recommandée comme vaccination de base, fiche d’information infovac.
Maladies invasives à pneumocoques 2013 – 2017. Bulletin OFSP 03/2019, p. 10-19.
Centre national pour les pneumocoques invasifs:
Swiss Antibiotic Resitance Report 2020. Chapter 7.5 Streptococcus pneumonaie
Serotype/serogroup-specific antibiotic non-susceptibility of invasive and non-invasive Streptococcus pneumoniae, Switzerland, 2004 to 2014.
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