ANRESIS wurde von 2000 bis 2004 im Rahmen des Nationalen Forschungsprogramms 49 „Antibiotikaresistenz“ des Schweizerischen Nationalfonds entwickelt. Im Jahr 2004 wurde die Datenbank zum Antibiotikaverbrauch in ANRESIS integriert. Im Jahr 2012 wurden erstmals Daten zur Resistenz im Veterinärbereich integriert, und seit 2016 enthält ANRESIS auch Daten zu Clostridoides difficile Infektionen beim Menschen. Seit 2018 wurden erhebliche Anstrengungen unternommen, um den Datenzugriff zu verbessern, die Benutzerfreundlichkeit zu erhöhen und intuitive Visualisierungen durch interaktive Grafiken und den neuen ANRESIS-Guide bereitzustellen. Im Jahr 2024 wurden sichere, benutzerbeschränkte Dashboards eingeführt, um spital- und laborspezifische Daten anzuzeigen.
ANRESIS wurde bis 2007 vom Schweizerischen Nationalfonds finanziell unterstützt. Zwischen 2008 und 2015 wurde es vom Bundesamt für Gesundheit (BAG), der Konferenz der kantonalen Gesundheitsdirektoren und der Universität Bern kofinanziert. Seit 2016 wird ANRESIS vom BAG, in dessen Auftrag es tätig ist, und vom Institut für Infektionskrankheiten (IFIK) der Universität Bern kofinanziert.